L'Examen des Chûnin de l'année passée a entraîné la chute de Konoha à cause de l'attaque orchestrée par Orochimaru, qui a trahis Konoha. Ce dernier fait partie des trois Sannins ou Ninja Légendaire avec Tsunade (la seule fille du trio) et Jiraya, devenu aujourd'hui l'Ermite Pervers.
Le Sandaime Hokage, Sarutobi, décéda dans son combat contre Orochimaru. Naruto est alors partis avec Jiraya pour retrouver Tsunade pour qu'elle succède au Sandaime Hokage et qu'elle-même devienne le Godaime Hokage.
Pendant ce temps, Orochimaru est toujours en vie, toujours aussi infâme et maléfique. Cependant, il a perdu l'usage de ses bras. Ce qui revient à dire qu'il est faible... Pour l'instant. Mais peut-être trouvera t-il une solution !
